Giai đoạn đầu

Harnik bắt đầu chơi bóng đá từ năm 1992 tại câu lạc bộ SC Vier- und Marschlande. Đầu năm 2006, anh gia nhập đội trẻ của Werder Bremen thi đấu ở giải hạng 4 nước Đức Regionalliga.

Do gãy xương bàn chân, Harnik nghỉ thi đấu phần lớn giai đoạn đầu nửa năm 2007. Đến mùa giải 2007-08, anh được đôn lên đội hình chính của Werder Bremen thi đấu tại Bundesliga và ký hợp đồng đến năm 2010.

Ngày 15 tháng 8 năm 2007, anh có trận đấu chuyên nghiệp đầu tiên tại trận đấu vòng sơ loại UEFA Champions League với Dinamo Zagreb. Mười ngày sau anh có trận đấu ra mắt tại Bundesliga trong trận đấu với 1. FC Nuremberg. Vào sân ở phút 61, anh đã ghi bàn thắng duy nhất của trận đấu ở phút 69.[1]

Ngày 24 tháng 8 năm 2009, Harnik được thông báo là có thể rời Werder Bremen sau khi hết hợp đồng và sáu ngày sau anh đã được đem cho Fortuna Düsseldorf mượn. Sau một mùa giải thi đấu ở giải hạng dưới 2. Bundesliga và ghi được 12 bàn thắng, suýt nữa đã giúp Fortuna thăng hạng Bundesliga.

VfB Stuttgart

2010-2012

Vào tháng 7 năm 2010, Harnik chuyển đến VfB Stuttgart. Ngày 29 tháng 7 năm 2010, anh có bàn thắng đầu tiên cho VfB Stuttgart trong trận lượt đi vòng sơ loại thứ ba UEFA Europa League với Molde FK và đó là bàn thắng ấn định chiến thắng 3-2 cho đội bóng nước Đức. Ngày 27 tháng 10 năm 2010, vào sân từ ghế dự bị ở phút 76 khi Stuttgart đang bị đội hạng dưới Chemnitzer FC dẫn trước 1-0 tại vòng 2 Cúp bóng đá Đức (DFB-Pokal), Harnik đã lập cú hat-trick đầu tiên trong sự nghiệp của mình để giúp Stuttgart lội ngược dòng thắng lại 3-1.[2]

Trong trận đầu tiên của Bundesliga 2011-12, Harnik ghi bàn nâng tỉ số lên 2-0 trong chiến thắng 3-0 trước Schalke 04.[3] Ngày 16 tháng 9 và 20 tháng 11 năm 2011, Harnik lần lượt lập hai cú đúp giúp Stuttgart đánh bại SC Freiburg 4-1 và FC Augsburg 2-1.[4][5] Ngày 11 tháng 2 năm 2012, Harnik lập được hat-trick trong chiến thắng 5-0 trước Hertha Berlin.[6]

Kết thúc mùa giải 2011-12, Harnik là chân sút số một của Stuttgart với tổng cộng 17 bàn thắng và 8 pha kiến tạo.[7]

2013-nay

Tại trận bán kết DFP-Porkal 2012-13, Harnik là người ấn định chiến thắng 2-1 trước SC Freiburg. Trong trận chung kết vào ngày 1 tháng 6 năm 2013, Harnik lập được cú đúp nhưng đã không thể giúp Stuttgart tránh khỏi thất bại 3-2 trước Bayern München.[8]

Ngày 21 tháng 4 năm 2014, Harnik có hai pha lập công giúp Stuttgart trong hoàn cảnh có nguy cơ xuống hạng bất ngờ đánh bại đội đang đứng ở vị trí thứ ba tại Bundesliga là Schalke 04.[9] Ngày 25 tháng 10 năm 2014, anh ghi hai bàn liên tiếp trong hai phút (34 và 36) trong chiến thắng 5-4 trước Eintracht Frankfurt.[10] Trong trận đấu đầu tiên của tân huyến luyện viên Huub Stevens, anh lập một cú đúp giúp Stuttgart đánh bại Freiburg 4-1 vào ngày 28 tháng 11 năm 2014.[11]

Kết thúc mùa giải 2015-16, Stuttgart rớt hạng với vị trí thứ 17/18 và Harnik cũng rời khỏi đội bóng sau khi hết hạn hợp đồng.[12]

Hannover 96

Từ mùa giải 2016-17, Harnik chuyển sang thi đấu cho Hannover 96, đội bóng cũng vừa rớt hạng Bundesliga mùa giải trước sau khi từ chối lời mời từ câu lạc bộ Sơn Đông Lỗ Năng của Trung Quốc.[13][14]